Ensimmäinen Jyväskylän Kesä järjestettiin vuonna 1956 nimellä Jyväskylän Musiikkikulttuuripäivät, jonka suunnittelivat Timo Mäkinen, Seppo Nummi ja Päivö Oksala. Festivaali oli pitkään ainoa Pohjoismaissa. Ohjelma koostui kongresseista, seminaareista, luennoista, paneeleista ja musiikkikursseista. Lisäksi ohjelmassa oli konsertteja, taidenäyttelyjä, elokuvia ja ulkoilmatapahtumia.

Vuosikymmenten saatossa festivaalin painopisteet ovat muuttuneet, mutta koko historian ajan mukana ovat säilyneet musiikki, seminaarit, ulkoilmatapahtumat ja kurssitoiminta. Ensimmäisten vuosikymmenten merkittäviä vieraita olivat mm. Karlheinz Stockhausen, Krzyztof Penderecki, György Ligeti, Ravi Shankar, Grigori Sokolov, Alfred Snittke, Liana Izakadze ja silloin 20-vuotias Viktoria Mullova.

Nykyinen linja on pääpiirteissään syntynyt viimeisen 20 vuoden aikana. Jyväskylän Kesä on perustamisvuodestaan lähtien yhtäjaksoisesti järjestetty monitaidefestivaali, joka täydentää suomalaista kulttuuritarjontaa tuottaen sellaisia kotimaisia ja ulkomaisia esityksiä ja ohjelmakokonaisuuksia, joita alueella ei muuten nähtäisi.